Роль университетов в современных социально-экономических системах государств претерпевает значительные изменения и предполагает актуализацию подходов к определению функций образовательных организаций. При этом университетские стартапы рассматриваются в качестве наиболее динамичных элементов региональных экономик, способных создавать экспортно-ориентированную наукоемкую продукцию и новые высокотехнологичные рабочие места. Трансформация и развитие региональных предпринимательских экосистем с использованием в качестве триггера академического предпринимательства вузов предполагает стимулирование органами власти субъектов федерации процесса формирования университетами стартапов в сотрудничестве с локальными или глобальными предприятиями реального сектора экономики. Целью исследования являлся анализ факторов, стимулирующих и сдерживающих академическое технологическое предпринимательство в региональных вузах России. Выполнен обзор подходов, использованных в ведущих университетах мира, создавших успешные предпринимательские экосистемы, выделены ключевые факторы, обуславливающих продуктивность таких экосистем. Отмечено, что в большинстве субъектов Российской Федерации не удается обнаружить всей совокупности базовых факторов, способствующих вовлечению в региональную экономику РИД, созданных в местных университетах, а также включению в горизонтальное сетевое взаимодействие стартапов, основанных выпускниками или сотрудниками региональных вузов.Предложены рекомендации по управлению процессом институциональной трансформации региональных университетов России в предпринимательские вузы и формированию университетских экосистем.